北大附中深圳南山分校高品位的校园文化同样彰显不凡。全校教职工的教育追求是“让每一位学生身心舒展地生活着，言无畏惧地尝试着，充满幻想地期待着。”于是在菁菁校园，既闪烁着文学艺术的灿烂星光，也跳跃着科学技术的激越音符，还交汇着一道道璀璨夺目的运动风景。母语节、科技节、英语节、体育节、艺术节和国际文化节……6大校园节日色彩斑斓；未名文学社、少年科学院、博雅通讯社、英语俱乐部、儿童书画院、女足俱乐部、戏剧表演社……15个学生社团交相辉映；武术、健美操、乒乓球、钢琴、古筝、书法、版画、航模、刺绣、养蚕、手工、轮滑……98门选修课程缤纷炫目；写作、辩论、演讲、主持、口语、动漫、合唱、书法、绘画、定向越野、篮球、小发明……各种学科竞赛硕果累累。于是在菁菁校园，催生和培养了一大批令附中人骄傲的优秀人才。他们当中，有“第二届世界华人艺术节”钢琴大赛儿童组金奖得主、应邀赴维也纳表演钢琴的吴江桦同学，有在芝加哥ISI世界花样滑冰大赛夺得金牌的康霓、许慧怡同学，有在“全国蒲公英青少年艺术新人”总决赛中获得两项金奖的敖道锴同学，有在“全国少年儿童艺术风采展示”中荣获四顶桂冠的许可同学，有出演多部影视剧、中国唱片公司签约少年歌手莫诗旎同学，有只身探秘黄河源考察绢蝶时发现珍稀植物、被《南方都市报》赞誉为“高中独行侠”的张云舜同学，还有在科技发明活动中获得国家发明专利的呼树奇、林子豪、陈永槟、曾思琛同学……可谓群星璀璨，奇葩屡绽。据统计，仅最近三年来，学生及社团获得国家、省、市、区级各类竞赛奖励和荣誉多达1068多项次。未名园的天空，云蒸霞蔚，流光溢彩。于是在菁菁校园，每一位莘莘学子不断提升文化素质，陶冶人格情操，展示个性特长，从而具备着灵敏的创造力，丰富的想象力，坚韧的意志力，高度的责任感等优良品质。魅力附中，成为众多成功人士优秀子女心驰神往的文化聚落。
北大附中深圳南山分校践行“对每一位学生终身发展负责”的办学理念，为学生精心构建了优美、安全、和谐、文明的生活环境。校园占地面积4万平方米，办学初始投资规模二亿七千万元。校园建筑大气磅礴，风格独特，典雅清新，布局合理；各类场馆设施齐全，教育教学设备具有国内一流水准，构成现代化、开放式、文化型的绿色成长空间。宿舍楼干净舒适，每间宿舍都装有空调及热水淋浴系统。生活教师全程化服务，就寝实行公寓化管理，营造一流宿舍文化；学校后勤实行社会化保障，食堂花样品种繁多、配餐营养健康。医务人员全天候值守，保安系统严密，校车接送安全高效。学校管理严谨，校风纯正；学子情操高尚，学风优良。小学、初中和高中现有72个教学班，在校学生2700多人，全部实行小班化教学。
北大附中深圳南山分校是广东省一级学校，广东省首届十佳民办学校。学校创建于2000年5月，是北京大学、香港科技大学和深圳市政府三方合作的深港产学研基地的基础教育发展项目，是深圳市南山区教育局和北京大学附属中学联合创办的集小学、初中、高中为一体的寄宿制国有民办学校。 学校坐落在深圳特区南头关内，前海湾畔，星海名城高尚社区；毗邻景色秀美的中山公园，东接深南大道高新科技园区及深圳大学，具有优越的人文地理环境，是一所全新的花园式学校。校园占地面积6万平方米，投资规模二亿七千万元。现有70个教学班，在校学生2430多人，全部实行小班化教学。校园建筑大气磅礴，风格独特，典雅清新，布局合理；北大历史文化氛围浓厚，蕴涵现代开放教育理念。学校建有千兆以太校园网，每间教室都装备了先进的多媒体系统。音乐、美术、书法、舞蹈房、琴房、阅览室、电脑室、各类实验室、心理咨询室等功能教室和创新空间，以及图书馆、多功能报告厅、网球馆、篮球馆、地理园、生物园等各类场馆设施齐全，教育教学设备具有国内一流水准，构成现代化、开放式、文化型的绿色成长空间。